Durante el gobierno del Presidente José Manuel Balmaceda, el 21 de junio de 1887, se dictó la ley que reorganizó los cinco ministerios existentes a la época y creó el de Industria y Obras Públicas. El primer ministro de la nueva cartera fue el abogado Pedro Montt Montt, quien años más tarde, en 1906, llegó a la primera magistratura del país.
Meses más tarde, el 27 de enero de 1888, fue creada la Dirección General de Obras Públicas, con la misión de estudiar, ejecutar y vigilar todos los trabajos públicos que se emprendan en el país por parte del Gobierno o por particulares. En sus inicios estuvo integrada por las secciones de Ferrocarriles y Telégrafos, Puentes, Caminos y Construcciones Hidráulicas y Arquitectura. Esta última pasó luego a ser Departamento y desde 1953 la actual Dirección de Arquitectura.
Tras la autorización en 1934 de la construcción del Centro Cívico de Santiago, en 1943 ya se encuentra en pleno avance la primera etapa del actual edificio del MOP, tras la demolición del sector norte del antiguo inmueble. Ocho años más tarde concluye la segunda etapa, dejando el edificio tal como se conoce hasta hoy.